Le train est roi : le Shinkansen relie Tokyo à Kyoto en 2h15, avec une ponctualité à la seconde. Le Japan Rail Pass, réservé aux touristes, offre un accès illimité au réseau JR.
En ville : métro omniprésent, carte IC (Suica/Pasmo) rechargée en gare. Les taxis sont chers mais irréprochables. Conduite à gauche et permis international requis si vous louez — utile seulement à Hokkaido ou Okinawa.